Program Pascasarjana Magister (S2) Ilmu Kelautan berstatus terakreditasi UNGGUL oleh LAMSAMA. Program studi ini diselenggarakan dengan tujuan untuk menghasilkannya lulusan yang professional, inovatif serta kompotetif melalui penelitian dan pengabdian yang inovatif dalam bidang kelautan dan perikanan. Prodi S2 Ilmu Kelautan memiliki tenaga pengajar berjumlah 16 dosen (5 professor dan 10 associate professor) mewakili kepakaran 5 kompetensi peminatan yang ditawarkan pada prodi ini. Adapun 5 peminatan tersebut, adalah:

1. Pengelolaan Sumberdaya Pesisir dan Laut
2. Akuakultur Pesisir dan Laut
3. Teknologi Hasil Perikanan
4. Sosial Ekonomi Perikanan
5. Teknologi Penangkapan Ikan